Pondok pesantren mahasiswa Khoirul Huda 3 Surabaya merupakan lembaga pendidikan agama islam, yang dikhususkan untuk mahasiswa yang sedang menempuh studi perguruan tinggi di Surabaya dan sekitarnya. Dengan berjalannya waktu, jumlah santri mengalami penambahan setiap tahunnya, mengakibatkan bertambahnya data-data pondok yang masuk, sehingga lemari arsip pondok hampir penuh dan belum adanya pusat pangkalan data-data pondok yang mengakibatkan santri sulit menelusuri rekam jejak materi pondok karena saat ini masih menggunakan kertas. Maka penelitian ini bertujuan untuk membuat aplikasi sistem informasi akademik berbasis web untuk memudahkan akses data pondok, pengelolaan data pondok serta pemantauan kegiatan akademik santri. Sistem ini terbagi menjadi 4 lapisan, yaitu: lapisan user, lapisan data, lapisan proses, lapisan basis data. Lapisan user juga terbagi menjadi 2 macam, yaitu: user input dan user output. User input adalah user yang memasukkan data-data pondok, terdiri dari sie sekretaris, sie absensi, sie bendahara, sie konsumsi, sie ketertiban, sie tahfidz dan guru. User output adalah user yang menerima hasil olahan data dari user input, terdiri dari santri dan pengurus. User input memasukkan data-data pondok ke dalam sistem, Data-data pondok terdiri dari: biodata santri, absensi santri, pelanggaran santri, rekam jejak materi, progress tahfidz alquran, dan pembayaran uang makan serta pembayaran uang kamar. Setelah itu data akan di proses di dalam sistem informasi akademik dan disimpan di dalam basis data. User output akan menerima hasil olahan data pada sistem informasi akademik. Hasil pengujian menunjukkan bahwa aplikasi ini sangat baik dan berguna untuk pondok.