Era globalisasi menuntut tingginya tingkat kebutuhan dan kecepatan akan transaksi jual beli. Seiring dengan itu, tingkat kemobilitasan transaksi juga menjadi tuntutan bisnis saat ini. E-commerce merupakan sebuah sarana untuk melakukan suatu transaksi jual-beli secara online. Sehingga keamanan infrastruktur e-commerce menjadi masalah yang sangat penting. Cryptography menyediakan aspek keamanan kerahasiaan, integritas, otentikasi dan nirpenyangkalan dalam proses transaksi. Pada proyek akhir ini akan dibuat sebuah sistem e-commerce berbasis website yang dilengkapi enkripsi dengan algoritma Paillier dan teknik digital signature DSA guna memberikan tingkat keamanan transaksi yang lebih baik kepada konsumen. Hasil yang didapatkan pada penelitian ini adalah sebuah sistem transaksi online yang aman dengan penerapan enkripsi algoritma Paillier dan teknik digital signature DSA pada layer aplikasi untuk validasi keabsahan pengguna dan keamanan data transaksi.