Susu sapi merupakan komoditas pangan penting bagi perekonomian Indonesia. Permintaan akan susu sapi terus meningkat dari tahun ke tahun. Namun, proses distribusi masih menjadi persoalan dalam menjaga kualitas susu sapi. Salah satu masalah dalam distribusi adalah pemilihan rute distribusi yang kurang optimal, sehingga susu sapi bisa saja mengalami penurunan kualitas selama proses distribusi. Untuk mengatasi masalah tersebut, dibutuhkan sebuah sistem yang dapat membantu dalam menentukan rute distribusi yang optimal berdasarkan parameter waktu ketahanan susu sapi selama proses distribusi. Dalam penelitian ini, algoritma Agglomerative Clustering untuk menentukan kelompok rute distribusi yang relevan dan Dynamic Programming untuk mengoptimalkan urutan lokasi dari masing – masing kelompok rute. Sistem dibangun berbasis aplikasi Android yang berfungsi sebagai navigasi rute tercepat untuk sopir distribusi. Hasil penelitian ini menunjukkan pengoptimalan waktu tempuh distribusi sebesar 2,72% untuk distribusi susu sapi berkualitas baik, 4,8% untuk distribusi susu sapi berkualitas sedang, dan 3,4% untuk distribusi susu sapi berkualitas buruk.